Zgodnie z art. 98 ust. 6 ustawy Pzp zamawiający zatrzymuje wadium wraz z odsetkami, a w przypadku wadium wniesionego w formie gwarancji lub poręczenia, o których mowa w art. 97 ust. 7 pkt 2–4 ustawy Pzp, występuje odpowiednio do gwaranta lub poręczyciela z żądaniem zapłaty wadium, jeżeli wykonawca w odpowiedzi na wezwanie, o którym mowa w art. 107 ust. 2 lub art. 128 ust. 1 ustawy Pzp, z przyczyn leżących po jego stronie, nie złożył podmiotowych środków dowodowych lub przedmiotowych środków dowodowych potwierdzających okoliczności, o których mowa w art. 57 lub art. 106 ust. 1 ustawy Pzp, oświadczenia, o którym mowa w art. 125 ust. 1 ustawy Pzp, innych dokumentów lub oświadczeń lub nie wyraził zgody na poprawienie omyłki, o której mowa w art. 223 ust. 2 pkt 3 ustawy Pzp, co spowodowało brak możliwości wybrania oferty złożonej przez wykonawcę jako najkorzystniejszej.

W orzecznictwie zwraca się uwagę nie tylko na sankcyjny i dyscyplinujący wykonawców charakter art. 98 ust. 6 ustawy Pzp, ale także na konieczność oceny wystąpienia przesłanek zatrzymania wadium na podstawie tego przepisu przy uwzględnieniu okoliczności danej sprawy. Konsekwencją nieprawidłowego i pochopnego zastosowania tego przepisu nie może być bowiem doprowadzenie do powstania negatywnych skutków w sferze ekonomicznej wykonawców w sytuacji, gdy dołożyli oni należytej staranności w uzyskaniu określonych dokumentów, złożyli je i mimo to dokumenty te nie potwierdzają spełnienia warunków udziału w postępowaniu.

Natomiast w celu uchwycenia istoty art. 98 ust. 6 ustawy Pzp warto zwrócić uwagę na uzasadnienie jego wprowadzenia podane w druku sejmowym Nr 471, (Sejm VI kadencji, s. 7) - regulacja sprzyja sytuacji, w której grupa będących w porozumieniu wykonawców może powodować, że zamówienie jest udzielane temu spośród nich, który zaoferował najniższą cenę. Wykonawcy ci mogą celowo składać oferty bez wymaganych dokumentów lub oświadczeń, a następnie, już po zapoznaniu się z ofertami konkurentów, bez negatywnych konsekwencji wycofać się z udziału w postępowaniu, podlegając jedynie wykluczeniu z postępowania (…). Mając to na uwadze, celowe jest zrównanie sytuacji wykonawcy, który nie przedstawił dokumentów lub oświadczeń potwierdzających spełnianie warunków udziału w postępowaniu w trybie art. 26 ust. 3 Pzp2004 (aktualnie art. 128 ust. 1 ustawy Pzp) z sytuacją wykonawcy, który uchyla się od zawarcia umowy lub nie wnosi wymaganego zabezpieczenia należytego wykonania umowy. Przyczyni się to do zracjonalizowania wydatków środków publicznych.

Zatrzymanie wadium na podstawie art. 98 ust. 6 ustawy Pzp powinno mieć miejsce wyjątkowo, w ściśle określonych okolicznościach, po sprawdzeniu przyczyn zaistniałej sytuacji oraz po ocenie intencji wykonawcy. Należy mieć na względzie przede wszystkim cel, w jakim art. 98 ust. 6 ustawy Pzp (poprzednio art. 46 ust. 4a Pzp2004) został do ustawy wprowadzony, czyli zapobieganie zmowom wykonawców. Podkreślił to Sąd Najwyższy w wyroku z 10 maja 2013 r., I CSK 422/12 stwierdzając, że badając zasadność zatrzymania wadium, sąd nie może tracić z pola widzenia celu tej sankcji i zawinienia oferenta. Nieuzupełnienie na czas dokumentacji nie oznacza od razu utraty wadium. Podobne stanowisko wyraził Sąd Najwyższy w wyroku z 7 lipca 2011 r., II CSK 675/10, tj. zamawiający ma prawo zatrzymać wadium wraz z odsetkami, gdy wykonawca nie składa wymaganych dokumentów lub oświadczeń, nie zaś w przypadku, gdy przekazuje informacje w niewłaściwej formie (faksem zamiast w formie pisemnej), a po nieznacznym upływie wyznaczonego terminu doręczony zostaje oryginał dokumentu. O istnieniu ryzyka zmowy wykonawców - czemu przeciwdziałać ma przedmiotowa regulacja - można byłoby mówić w przypadku całkowitej bierności wykonawcy, gdyby umyślnie i celowo nie podporządkował się wezwaniu zamawiającego.

Interpretacja przepisu art. 98 ust. 6 ustawy Pzp wymaga uwzględnienia jego celu, a zatem powinien być stosowany wyłącznie w celu zapobiegania zmowom wykonawców. 

Jeżeli wykonawca na wezwanie z art. 128 ust. 1 ustawy Pzp nie złoży w terminie podmiotowych środków dowodowych, zamawiający powinien ustalić czy takie zaniechanie wykonawcy nosi znamiona zmowy przetargowej. Jeżeli wykonawca na wezwanie z art. 128 ust. 1 ustawy Pzp nie złożył w terminie podmiotowych środków dowodowych, nie oznacza to od razu zatrzymania wadium. 

W orzecznictwie Krajowej Izby Odwoławczej wielokrotnie podkreślano, że należy mieć na uwadze, że ustawodawca wprowadził przepis art. 46 ust. 4a Pzp2004 (aktualnie art. 98 ust. 6 ustawy Pzp) w celu przeciwdziałania zmowom wykonawców, którzy mogli celowo nie uzupełniać określonych dokumentów na wezwanie zamawiającego, po to by umożliwić uzyskanie zamówienia przez wykonawcę będącego z nimi w porozumieniu i oferującego najwyższą cenę za wykonanie zamówienia.

Zatrzymanie wadium może więc nastąpić jedynie wówczas, gdy niezłożenie podmiotowych środków dowodowych było zawinione przez wykonawcę, przy czym konieczna jest jego całkowita bierność, umyślność i celowość oraz nasilenie złej woli w niezastosowaniu się do wezwania zamawiającego do złożenia dokumentów i oświadczeń. Przyjęcie odmiennego stanowiska i uznanie, że do zatrzymania wadium może dojść w każdej sytuacji, gdy wykonawca nie wypełni należycie wezwania zamawiającego, stwarza pole do nadużyć ze strony zamawiającego.

Sankcja przewidziana w art. 98 ust. 6 ustawy Pzp nie dotyczy również tych wypadków, gdy wykonawca na wezwanie z art. 12 ust. 1 ustawy Pzp złoży podmiotowe środki dowodowe, które nie potwierdzają spełniania warunków udziału w postępowaniu.